За пръв път от много години са сформирани три паралелки - "Корабоводене" с 25 ученици, "Корабни машини и механизми /КММ/" с 19 ученици и "Митническа и данъчна администрация" с 25 ученици. Заради COVID обстановката, на тържеството по случай откриването на учебната 2020/2021 година присъстваха само учениците от осмите класове. Останалите възпитаници на Морското училище влязоха в класните си стаи в 8:30 ч. с необходимите средства за защита и получиха насоки за провеждане на учебен процес в условията на пандемия. Бургаската Професионална гимназия по морско корабоплаване и риболов "Свети Никола", известна още като Морското училище, започна новата 2020/2021 година с въвеждането на иновации в обучението. Те важат за периода 2020/2025 година, когато завършват учениците, приети сега в 8 клас. Иновациите са за специалностите "Корабоводене" и "КММ". Те се въвеждат в изпълнение на програмата на Министерството на образованието и науката и отговарят на изискванията на Международната конвенция за вахтената служба (STCW). Целта им е да осигурят перспектива на завършващите учебното заведение. Иновациите в специалността "Корабоводене" дават възможност на завършващите Морското и придобили квалификация "Корабен рулеви", след едногодишен стаж да получат автоматично сертификат "Квалифициран моряк полубна команда". Иновациите в специалността "КММ" дават на завършващите възможност да придобият квалификация "Корабен моторист" и след едногодишен стаж да получат сертификат "Квалифициран моряк машинна команда". Иновациите се прилагат и благодарение на методическите указания на Морска администрация. Във връзка с подготовката и изменение на Наредба 6 и осъществяване на теоретична подготовка на морските лица, завършващи професионалната гимназия, те ще придобият правоспособност за управление на яхта до 300 бруто тона регистър след извършване на плавателния стаж и въз основа на преминатия учебен процес. Всички специалности са с разширено изучаване на английски език /корабен/, втори чужд език - руски. От 1 септември 2019 г. гимназията, която беше държавна, бе прехвърлена на Община Бургас, която полага усилия за модернизация на материалната база, за оборудването й със съвременни технологии, както и за повишаване качеството на образованието. В момента гимназията цялостно обновява учебно-материалната си база, в това число учебни работилници, кабинети, спортен комплекс, компютърни зали, включително софтуерно управляеми тренажори. Ръководството на Морското училище сключи редица споразумения за практики на своите ученици с морския бизнес, университети и държавни институции.