През последните месеци следователите от Европейската прокуратура са поели функциите на белгийските прокурори, които разследват фон дер Лайен за "намеса в публични функции, унищожаване на SMS, корупция и конфликт на интереси". Първоначално разследването е започнато от белгийските съдебни власти в град Лиеж в началото на 2023 г. след наказателна жалба, подадена от местния лобист Фредерик Балдан. По-късно към него се присъединиха унгарското и полското правителство - въпреки че последното е в процес на оттегляне на жалбата си след изборната победа на проевропейското правителство, ръководено от Доналд Туск, заяви говорител на полското правителство. Жалбата на Балдан се съсредоточава върху предполагаемата размяна на текстови съобщения между фон дер Лайен и шефа на Pfizer Алберт Бурла в навечерието на най-голямата сделка за ваксини в ЕС в разгара на пандемията от COVID-19, в афера, наречена "Pfizergate". В. "Ню Йорк Таймс", който пръв разкри, че размяната на съобщения се е състояла, докато двамата лидери са уточнявали условията на сделката, започна паралелно съдебно дело срещу Комисията, след като тя отказа да разкрие съдържанието на съобщенията след искане за достъп до документи. Новината, че Европейската прокуратура вече разследва случая, рискува да постави под допълнително наблюдение ролята на председателя на Комисията в мегасделката за ваксините, чиято стойност се оценява на над 20 млрд. евро. Развитието на събитията идва в деликатен момент за ръководителя на ЕК, тъй като тя се ориентира към втори мандат.